林承棋、罗卓娟教授团队和生医学院谢芃研究员合作在《Bioinformatics》上推出空间转录组数据质控新工具SpatialQC
2024年7月25日,来自海洋之神之线路检测中心的谢芃、林承棋与罗卓娟教授领衔的研究团队,在权威生物信息学期刊《Bioinformatics》上发表了题为“SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data”的研究论文。该研究的核心贡献在于开发了SpatialQC这一创新工具,填补了当前空间转录组数据分析流程中缺乏一站式质控(QC)工具的空白,并进而促进了数据质量的提升与分析流程的简化。空间转录组学的出现揭示了生物组织内部的空间异质性,极大地推进了为我们对细胞间及分子间相互作用机制的深层次理解。在空间转录组学领域内,数据的质量控制(QC)是影响数据分析准确性、可靠性乃至科学结论有效性的关键环节。当前,空间转录组数据分析流程普遍缺乏一个综合性的、一站式QC工具,以系统地评估和优化数据质量,这限制了数据处理过程的效率,还可能影响后续分析的深度和精度。鉴于此,开发一款具备高度自动化、全面覆盖数据质量评估各个方面的空间转录组QC工具显得尤为重要。SpatialQC从切片、细胞和基因三个维度上实现了对空间转录组数据的综合自动化